Aunque Miyajima es conocida como destino turístico, tiene una historia muy rica dentro de Japón y la cultura shinto. También ha jugado un rol importante en el desarrollo de la religión en Japón mediante su influencia Kamakura durante el periodo Kamakura, siendo a su vez visitada por un santo budista.
La isla ha sido venerada desde tiempos antiguos debido a que su paisaje le otorga un toque espiritual junto con las montañas y el mar. Esta isla fue convertida en un lugar sagrado en el año 593 por Saeki Kuramoto, quien fundó el templo Itsukushima.
El monje budista Kukai (Kobodaishi) visitó Miyajima en su regreso de China (806). Sintiendo la presencia espiritual, Kukai declaró la isla como lugar santo y construyó un Hondo (salón principal) sobre el monte Misen, llevando consigo la formación Gumonji. El fuego utilizado en dicha formación sigue encendido en el salón Misen Reikado del "Fuego Eterno" (Kiezu-no-hi). La isla es famosa por sus festivales de fuego que tienen lugar en los días sagrados.
La isla está fuertemente influenciada por la cultura de Kioto llevada allí por el guerrero samurai Taira no Kiyomori, quien construyó el templo de Itsukushima con el estilo arquitectónico de la aristocracia de Kioto. Kiyomori también llevó la cultura de Kioto a Miyajima mediante hábiles artesanos.
No fue sino hasta el final de la era Kamakura que la isla se habitó, primero con sacerdotes shinto y sus acólitos, luego con laicos.
Durante el periodo de la guerra civil (Sengoku) tuvo lugar una gran batalla. Un capitán, Sue Harukata, se rebeló y como resultado Daimyo, Ouchi Yoshitaka cometieron seppuku (harakiri). Mori Motonari, aliado de Yoshitaka, se sublevó contra Harutaka pero el ejército de Sue superaba en número al de Mori. Mori levantó un castillo al norte de Miyajima para atraer el ejército de Sue hasta allí.
20.000 soldados del ejército de Sue arrivaron a Miyajima y tomaron las defensas del castillo, que soportaron la invasión. Luego, el 1 de octubre, Motonari llevó a 3.500 soldados al otro lado de la costa durante una tormenta por la noche y subieron la cumbre detrás de las fuerzas de Sue, derrotándolas en una sola contienda. Ésta es la "Itsukushima Gassen" (Batalla de Miyajima). Sue partió con un pequeño grupo de soldados y cometió sepuku o ritual de suicidio. Ésto sucedió en el año 1555.
Después de la derrota de Sue, Mori Motanari reconstruyó los templos y el gran Torii, donó un escenario de Noh (madera de ciprés), y contribuyó al desarrollo del templo Itsukushima, que se encuentra en el corazón de Miyajima.
Dicho templo ha estado activo a lo largo de la historia y como la mayoría de los de su tipo en Japón, está relacionado con el budismo. El santuario Itsukushima ha sido reconstruido y restaurado a través de la historia, sobreviviendo a tifones, tormentas eléctricas, batallas y la política Shinbutsu burni del periodo Meiji (que prohibía la fusión de la religión shinto con el budismo) de 1868.
El templo Itsukushima es respetado por pescadores, marineros, mercaderes y está catalogado como un tesoro nacional e importante propiedad cultural.
Arco O-torii - Importante propiedad cultural
Se dice que el arco Torii es el umbral entre el mundo espiritual y el humano. Este arco de 4 columnas fue construido en 1168 y estaba ubicado a 200 metros de la costa. Cuando hay marea alta, pareciera que el arco flota sobre el agua, y durante la marea baja, se puede caminar hasta la base del gran Torii.
El gran Torii no está enterrado sino que se sostiene por su propio peso. Yace sobre seis pilares que lo hacen estable. La caja sobre la parte superior del Torii contiene 7 toneladas de piedras. Las cuñas hechas a medida son colocadas en las intersecciones donde el techo se une con las columnas absorbiendo el impacto y ayudando a equilibrar la estructura.
El actual arco Torii data de 1875 y es el octavo Torii en la historia de Miyajima. Se cree que su color bermellón, como el del templo Itsukushima, mantiene alejados a los malos espíritus.
La placa del gran Torii fue pintada por el príncipe Arisugawa Taruhito de la era Meiji. Era comandante en la guerra de Boshin y combatió con el ejército del gobierno contra las fuerzas de Saigo Takamori en la rebelión de Satsuma en 1877. Saigo Takamori es conocido como "el último samurai" y es considerado el samurai más influyente de la historia japonesa.