El Templo Saihoji o Templo Kokedera fue fundado durante el período Nara, hace unos 1300 años, por el sacerdote Gyōki a petición del Emperador Shōmu, junto con otros cuarenta y nueve templos de la secta Hosso.
En 1339, en medio de la devastación del período de posguerra, Musō Kokushi, uno de los sacerdotes Zen más respetados de Japón, revivió el templo como templo Zen por invitación de Fujiwara Chikahide (el sacerdote principal del santuario de Matsunō).
El complejo con un área de 35,000 metros cuadrados es ahora uno de los sitios históricos más especiales y lugares de belleza escénica en Japón y fue agregado a la Lista del Patrimonio Mundial de la UNESCO en 1994 como un monumento histórico del antiguo Kioto.
Debido al hermoso musgo que cubre el área, el cual lo hizo saltara a la fama, ahora se lo conoce popularmente como Kokedera (Templo de musgo) el jardín de Saiho-ji contiene más de 120 especies diferentes de musgo.